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干货丨化合物靶标预测平台工具盘点76 赞同21 评论399 收藏引言靶标预测方法主要包括数据挖掘、知识发现工具应用、化合物-蛋白质相互作用网络构建、药效团模型匹配、正反分子对接技术、药物-靶标相似性算法等。近来有读者留言，希望利刃君介绍一下小分子靶标预测的方法，这里利刃君就为大家推荐几款比较常用的靶标预测的网站工具。1.SwissTargetPredictionSwissTargetPrediction基于与已知化合物的二维和三维结构的相似性来预测化合物的靶标。使用方法：①打开网站主页：②在Select a species处选择物种，默认选择人；③上传需要预测靶标的分子结构，可以以Smiles代码或在右侧窗口中画出结构；当然也支持从文件中直接导入结构，如.sdf、.mol格式等；④点击Predict Targets进行靶标预测，预测完成后，结果中对靶标类型进行了分类，可以直接保存成PDF格式，或导出至Excel进行筛选等操作；预测结果按照可能性Probability进行了排序，给出了靶标名称、Uniprot ID、ChEMBL ID等信息，方便我们联合其他数据库详细了解该靶标。2.SuperPredSuperPred数据库是从SuperTarget、ChEMBL和BindingDB中提取化合物-靶标相互作用数据而构建的，并且去掉了其中一些结合较弱（比如Ki、IC50值大于10μM）的化合物-蛋白相互作用，该数据库包含了约341000个化合物、1800个靶标和665000个化合物-靶标相互作用。使用方法也同样简单，SuperPred采取ECFP分子指纹计算结构相似性，支持化合物名称，SMILES以及用户自定义结构的查询。网站主页：3.SEA(Similarity ensemble approach)SEA数据库整合了ChEMBL和MDDR(MDL Drug Data Report)等数据库的化合物和靶点信息，利用Daylight分子指纹计算化合物的相似性，并将相似化合物的靶点进行聚类。网站主页：只需输入小分子的SMILES代码即可进行匹配，获得潜在靶点结果。结果中P-Value越小，潜在靶标的可靠性越大。MaxTC值表示数据库中和查询分子的相似程度。4.TargetHunterTargetHunter是基于小分子二维结构相似性的靶标搜寻器（似乎很久没更新了）。网站主页：使用方法也是类似的，可以设置相似性程度来对结果进行过滤5.PharmMapperPharmmapper 是一个非常知名的由华东理工大学开发与维护的药效团匹配与潜在识别靶标平台，它通过将所查询化合物的药效团与内部药效团模型数据库匹配来执行预测PharmMapper来自TargetBank, DrugBank, BindingDB 和 PDTD这几个数据库，当前版本中，已有超过53000个受体基础的药效团模型。网站主页：使用时提交的分子需要为MOL2格式或者SDF格式。如果不是三维构象的分子，那么服务会自动转化为三维构象。在邮箱地址处，需要填写邮箱，结果计算完成后，会发送结果报告至邮箱中。6.ChemMapperChemMapper是一个在线平台，可基于SHAFTS (SHApe-FeaTure Similarity)方法的靶点预测工具，主要是把三维分子的形状转化为数据进行比较，来预测小分子的多药理作用和作用方式。ChemMapper收集了超过35万种具有生物活性和相关目标注释的化学结构（以及超过300万种未注释的化合物用于虚拟筛选）。以用户提供的化学结构作为查询，就3D相似性而言，最相似的化合物将返回，并带有相关的药理注释。网站主页：以上就是利刃君为大家分享的六个可用于靶标预测的网站，当然还有其他的网站可用如drugCIPHEＲ、 BATMAN-TCM等，也有DＲAＲ-CPI、idTarget、HTDocking等反向分子对接服务器。工具虽然很多，但在实际应用中也要加入更多的人工判断，有条件时更要实验进行活性验证。编辑于 2020-12-15 · 著作权归作者所有, SMILES表示法、SMARTS表示法和InChI表示法都是用少量字符表示结构信息的重要方法。 化合物的图表示 可以将一个分子视为一个以原子为节点，结合为边的图。图形可以表示一个原子如何连接到另一个原子。如果已知原子…, PubChem 检索可得到的结果包含了分子式、SMILES、2D和3D结构、InChI和InChIKey、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质，除此以外，还有该化合物作为药物的剂型和商品信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息，并通过文献 .
③上传需要预测靶标的分子结构，可以以Smiles代码或在右侧窗口中画出结构； 当然也支持从文件中直接导入结构，如.sdf、.mol格式等； ④点击Predict Targets进行靶标预测，预测完成后，结果中对靶标类型进行了分类，可以直接保存成PDF格式，或导出至Excel进行筛选等操作；, 准备你的SMILES数据： 首先，你需要将所有化合物的SMILES格式整理到一个文本文件中。每行一个SMILES。 确保所有的SMILES都是正确的，并且格式规范。 登录到SwissTargetPrediction网站： 访问 SwissTargetPrediction 的网站。 如果你还没有账户，你需要注册一个。, 下面介绍根据化合物名称，获取化合物的其他数据，包括化学式、分子量、smiles结构、3d结构、电荷分布等等应有尽有，非常适合批量的化学分子转换和下载。 介绍. pubchem pug rest中化合物的识别号有三种类型：sid表示物质、cid表示化合物，aid表示实验。, 1、Swiss ADME/Prediction数据库可以通过成分结构、SMILES 预测靶点 第一步：PubChem输入成分名称，可以得到结构或者SMILES号 第二步： SwissADME 导入结构或者粘贴SMILES号，点击Run!, KingDraw可兼容cdx、mol、SMILES等多种常用结构式绘制软件的文件格式，并支持ACS1996等绘图标准。可以与Chemdraw等常用结构式软件互通，可以将结构式在两个软件中互相复制粘贴,而且支持将结构式直接复制粘贴到Office系列办公软件中，并可以进行同步修改。, 请问这种有机物表示方法叫什么名字啊？ - 知乎.