Während stießen französische Truppen im April 1797 von Kärnten aus bis nach Lienz vor. Noch am selben Tag wurden die Truppen vom Tiroler vertrieben. Wenige Tage später erfolgte ein weiterer Vorstoß der französischen Armee durch das Pustertal nach Lienz, wobei die Truppen beim Eintreffen in Lienz 100.000 als Kontribution für die zuvor erfolgte Vertreibung der Franzosen forderten. Da die Lienzer nur 24.000 Gulden aufbringen konnten, nahmen die Franzosen bei ihrem Abzug nach Kärnten mit und begingen Plünderungen. Nachdem die Anwesenheit der Franzosen bereits einen hohen wirtschaftlichen Schaden verursacht hatte, brach noch im selben Jahr eine schwere Viehseuche aus. Ein Großbrand vernichtete 1798 151 Häuser, drei Kirchen und die beiden Klöster. Des Weiteren litten die Lienzer unter den Einquartierungen der kaiserlichen Armee. Die Niederlagen Österreichs gegen Napoleon in den führten 1805 schließlich zur Abtretung Tirols an das . Die bayrische Verwaltung vereinigte in der Folge das Lienzer Stadtgericht mit dem , schloss das Gymnasium und ließ ein aufstellen. Im im April 1809 wurde Lienz durch die österreichischen Truppen befreit, der bayrische Gegenangriff konnte in der Folge vom Tiroler Landsturm unter zurückgeschlagen werden. Im August gelang dem französischen General jedoch über das Drautal die erneute Besetzung von Lienz. Als Vergeltung für Widerstände ließ Rusca die umliegenden Dörfer in Brand stecken, Lienz blieb hingegen verschont. Nach der endgültigen Besetzung Osttirols durch französische Truppen im Dezember 1809 wurde Lienz mit dem übrigen Osttirol in die Provinz Oberkärnten der eingegliedert und war Zentrum des Kantons Lienz. Bereits 1813 endete die Fremdherrschaft, als unter Kaiser die Verwaltungsgliederung der Illyrischen Provinzen wieder aufgehoben und das Gebiet um Lienz erneut in das Land Tirol eingegliedert wurde., So befinden sich in Lienz unter anderem die Bezirksstellen des Finanzamts, des Arbeitsmarktservice (AMS), des Bundesamtes für Eich- und Vermessungswesen, der Wirtschaftskammer Österreich, der Landwirtschaftskammer (Österreich) und der Kammer für Arbeiter und Angestellte., Die Sonnenstadt Lienz besticht mit Flair und über 2.070 Sonnenstunden. Die Kulisse der Dolomiten bietet Panorama für Bergsteiger, Wanderer und Biker..